Der Drei-Franken-Stein markiert den Punkt an dem die drei fränkischen Regierungsbezirke Ober-, Mittel- und Unterfranken aneinanderstoßen.
Als Franken 1806 von Bayern einverleibt wurde, teilten die neuen Herrscher Franken in die Verwaltungskreise Obermain, Untermain und Rezatkreis auf. Der Name Franken sollte so für alle Zeit von der Landkarte verschwinden. Als der Unmut der fränkischen Bevölkerung darüber immer mehr wuchs, wurden im Jahr 1837 die Verwaltungskreise in die heutigen Bezirke Ober-, Mittel- und Unterfranken umbenannt.
Der erste Drei-Franken-Stein wurde 1892 als bloße Dokumentation dieses gemeinsamen Grenzpunktes im Wald unweit der Reichen-Ebrach-Quelle zwischen Ebersbrunn (Markt Geiselwind, Landkreis Kitzingen) und Kleinbirkach (Markt Ebrach, Landkreis Bamberg) gesetzt. Es handelt sich dabei um eine 1,35 Meter hohe Sandsteinsäule. Heute spricht man nur noch vom alten Drei-Franken-Stein.
Im Zuge der Gebietsreform von 1972 wurden viele Landkreise und Gemeinden neu zugeordnet. Damit verschoben sich auch die Grenzen der Regierungsbezirke, so dass der Drei-Franken-Stein von 1892 nicht mehr der gemeinsame Grenzpunkt war. Es dauerte sechs Jahre bis der Beschluss zur Errichtung eines neuen, des heutigen Drei-Franken-Steins gefasst wurde. Der Steigerwaldklub übernahm die Planung und die Anschaffung. Die Kosten wurden von den drei Regierungsbezirken gemeinsam getragen.
Der neue Drei-Franken-Stein ist ein 2,80 Meter hoher und circa 2,5 Tonnen schwerer Naturstein aus Muschelkalk aus dem Steinbruch der Firma Wirth in Kleinrinderfeld (Landkreis Würzburg). Die künstlerische Ausgestaltung des Drei-Franken-Steins mit den Wappen und Namensbezeichnungen der drei fränkischen Regierungsbezirke erfolgte durch den Würzburger Bildhauer Lothar Forster. Die offizielle Übergabe des Drei-Franken-Steins fand am 1. Mai 1979 statt.
Nachdem sich der Drei-Franken-Stein immer mehr wachsender Beliebtheit erfreut, beschlossen 2011 die Drei-Franken-Gemeinden Stadt Schlüsselfeld (Landkreis Bamberg, Oberfranken), Markt Burghaslach (Landkreis Neustadt an der Aisch, Mittelfranken) und Markt Geiselwind (Landkreis Kitzingen, Unterfranken) das Umfeld des Drei-Franken-Steins neu zu gestalten.
Unter Federführung der Gemeinde Burghaslach wurde das ortsansässige Landschaftsarchiktekturbüro Müller-Maatsch im Rahmen einer Ausschreibung mit der Planung der Umfeldneugestaltung beauftragt. Die Firma Richter aus Glashütten (Landkreis Bayreuth) bekam den Zuschlag für die Wege- und Belagsarbeiten am Drei-Franken-Stein. Die Firma Zinser aus Geiselwind wurde mit den Kabelverlegungsarbeiten beauftragt und die Firma Elektro König aus Prühl (Landkreis Neustadt an der Aisch) führte die Elektroarbeiten vor Ort aus. Im Juni 2013 wurde am Drei-Franken-Stein ein sogenannter Geodätischer Referenzpunkt errichtet. Dieser Referenzpunkt ermöglicht es, die Genauigkeit handelsüblicher GPS-Empfänger zu überprüfen und seine Position exakt zu bestimmen.
Am 3. Oktober 2013 wurde das Projekt „Errichtung von Infobereichen und Unterstellhallen (Pavillons) am Drei-Franken-Stein“ mit der feierlichen Einweihung der Pavillons abgeschlossen. In den Pavillons präsentieren sich nun die drei fränkischen Regierungsbezirke. Die Firma Hofmann aus Burghaslach führte die Maurer- und Natursteinarbeiten an den Pavillons durch, während sich die Firma Hassler aus Münchhof für die Holz- und Metallbauarbeiten verantwortlich zeigte. Die Gesamtkosten der Umfeldneugestaltung beliefen sich auf circa 250.000,- Euro. Mit der Umfeldneugestaltung auf den Flächen der Gemarkung Freihaslach (Gemeinde Burghaslach) möchte man den Drei-Franken-Stein zu einem beliebten Ausflugsziel und Veranstaltungsort entwickeln.